Франсишку Марту родился 11 июня 1908 года в селении Алжуштрел, расположенном в португальской провинции Фатима. Он был шестым ребенком в семье Мануэла и Олимпии Марту. Франсишку был симпатичным мальчиком со светлыми волосами и темными глазами. Он любил играть с другими детьми, но при этом ему был чужд дух соперничества. Он не любил жаловаться, когда с ним поступали несправедливо, и предпочитал отдать даже дорогие ему вещи (например, платок с вышитым образом Девы Марии), чем драться за них. Франсишку был миролюбивым, но смелым, и допросы у мэра, через которые ему позже пришлось пройти, лучше всего подтверждают это. При этом он обладал озорным характером, любил природу, особенно животных. Он играл с ящерицами и змеями и порой приносил их домой, к огорчению своей матери. Однажды он отдал другу пенни – все имеющиеся у него деньги – за пойманную птичку, лишь для того, чтобы отпустить ее на волю. Франсишку умел играть на дудочке, под которую пели и танцевали Лусия и его сестра Жасинта. В общем, он был милым и добрым ребенком, еще не святым, но явно предуготовленным Богом для тех благодатей, которые будут ему дарованы.
Единственный из троих фатимских провидцев, Франсишку никогда не слышал слов Госпожи, хотя видел Ее и ощущал Ее присутствие. После первого явления Лусия передала ему послание Госпожи о том, что он попадет на небо, если будет много молиться Розарий. Во время второго явления Лусия попросила взять их на Небо, и Госпожа ответила, что скоро возьмет Франсишку и Жасинту, но Лусии придется подождать. Она умерла лишь 13 февраля 2005 года в возрасте 97 лет.
Во время третьего явления детям была доверена Тайна, включавшая видение ада, которое настолько изменило их, что они стали уже в большей мере взрослыми, нежели детьми. В это время мэр этого округа Артур де Оливейра Сантуш задумал дискредитировать явления, запугав детей. Он пытался заставить вытрясти из них признание в том, что они лгут, угрожая сварить их в масле, если они не откроют «Тайну» Госпожи, а затем запер их в тюрьме, чтобы помешать им прийти в условленное время на встречу с Госпожой в день четвертого явления (13 августа). Из-за этого явление состоялось несколькими днями позже.
В день пятого явления в Кова-да-Ирия прибыли десятки тысяч людей, узнавших из прессы о стычке мэра с детьми. Среди любопытствующих был преподаватель семинарии д-р Мануэл Формиган, который впоследствии допрашивал детей и убедился в подлинности их слов.
Когда стало известно, что во время очередного явления должно произойти чудо, множество людей постарались прийти на место явления, так что 13 октября там собралось около 70 тысяч человек, ставших свидетелями пляски солнца.
Когда явления окончились, Франсишку отдали в школу, однако он прогуливал занятия при любой возможности. Он предпочитал проводить время в молитве перед «сокрытым Иисусом» в Дарохранительнице. Его величайшей заботой было утешать его скорбящего Господа и Сердце Его Матери. Когда его спрашивали, кем он хочет стать, когда вырастет, он отвечал: «Я никем не хочу стать. Я хочу умереть и пойти на Небо».
В августе 1918 года, когда Первая мировая война уже подходила к концу, Франсишку и Жасинта заболели испанским гриппом («испанкой»), унесшей в том году миллионы жизней по всему миру. Временами им становилось лучше, однако потом их угасание возобновлялось с неумолимой силой. Франсишку, понимая, что конец близок, попросил, чтобы ему разрешили принять Иисуса в его первом в жизни Причастии. На следующее утро, в 10 часов 4 апреля 1919 года, он умер с тихой улыбкой на изможденном лице.
Франсишку был похоронен на следующий день на кладбище в Фатиме, а позднее его останки были перенесены в Фатимскую базилику, где и покоятся теперь рядом с останками его сестры Жасинты и двоюродной сестры Лусии.
Предварительный процесс по беатификации Франсишку Марту был открыт в 1946 году, а в 1952 году епископ Лейрийский Жозе Алвеш Коррейа да Силва открывает два диоцезных процесса по сбору информации о святости и добродетелях Франсишку и Жасинты Марту. Сначала процессы беатификации Франсишку и Жасинты велись отдельно, будучи объединены лишь после провозглашения Папой Иоанном Павлом II 13 мая 1989 года декрета о признании героических добродетелей брата и сестры Марту. 13 мая 2000 года в Фатиме тот же Иоанн Павел II причислил их к лику блаженных. 13 мая 2017 года, в день столетнего юбилея первого явления Пресвятой Девы Марии, Франциск в Фатиме провозгласил Франсишку святым.
